寛永11年(1583年)若狭国小浜に入封した酒井忠勝によって佐柿奉行所(御茶屋御殿)が築かれたのがはじまりである。
享和3年(1803年)奉行所を陣屋と改称、慶応3年(1867年)水戸天狗党のうち110名余りが小浜藩預りとなり収容するための施設として准藩士屋敷が建てられた。
佐柿陣屋は中世国吉城の南西麓、現在の若狭国吉城歴史資料館の所に築かれていた。
以前訪れたときはまだ資料館がなかったのだが、2009年に地元の大庄屋田辺家の母屋を移築再建してオープンした。前面の石垣が陣屋の遺構で、隣には国吉城の居館、栗屋勝久の菩提寺徳賞寺がある。