慶長6年(1601年)小笠原長巨によって築かれた。 小笠原長巨は旧松尾城主で武蔵国本庄城主の小笠原信峯の弟で、徳川家康の命によって伊那郡十万四百石を支配し、その内秣料一千石を賜って伊豆木に陣屋を構え、伊豆木小笠原家の祖となった。

伊豆木小笠原家は参勤交代を行う交代寄合の旗本で、江戸城では柳間詰めであった。長巨以来十一代続いて小笠原長裕の時に明治に至る。

伊豆木陣屋は中世伊豆木氏の居城であった伊豆木城の南麓に築かれている。 現在は旧小笠原家書院として資料館とともに展示されている。

現存する書院は元和3年(1617年)に建立されたものと伝えられてきたが、解体修理によって寛永元年(1624年)の墨書が見つかり、この頃に建立されたものと確認された。懸造の珍しい書院は、明治維新の後に書院と御用所の玄関をくっつけたもので、その他の建物は移築現存する太鼓門を除いて現存していない。 「小笠原屋敷古図」によれば、南の大手に太鼓門、その西側に物見の平櫓があり、内桝形になっていた。

県道491号線沿いに専用の駐車場がある。

以下、訪問当時のものであり、変更されている可能性があります。

開館時間	午前9時-午後5時まで(但し冬期は時間変更する場合がある)
休館日	月曜日・祝日の翌日 年末年始
料金	大人300円 子供150円

最寄り駅(直線距離)
2.0km 川路駅
2.1km 天竜峡駅
2.7km 千代駅
3.6km 時又駅
3.6km 金野駅

付近の城(直線距離)
0.2km 信濃 伊豆木城
1.3km 信濃 夜明山狼煙台
1.6km 信濃 米山城(立石)
2.2km 信濃 甲賀氏館
2.2km 信濃 久米ヶ城
2.4km 信濃 荒城(立石)
2.4km 信濃 原氏館
2.9km 信濃 鶯ヶ城
3.1km 信濃 小松原城
3.2km 信濃 鐘突堂砦
3.9km 信濃 龍江城山城
4.1km 信濃 粒良脇砦
4.3km 信濃 兎城
4.5km 信濃 麦種城
5.1km 信濃 鈴岡城
5.2km 信濃 駒場城
5.2km 信濃 三ツ山茶臼山城
5.3km 信濃 西平城
5.5km 信濃 松尾城
5.8km 信濃 小林城
6.1km 信濃 知久平城
6.4km 信濃 足畑山狼煙岳砦
6.7km 信濃 松尾館
7.1km 信濃 神之峰城

2017年11月