築城年代は定かではないが黒田氏によって築かれた。
黒田氏は佐々木京極氏の庶流である。この黒田氏が江戸時代に福岡藩主となった黒田氏の祖とされる。これは貝原益軒の記した『黒田家譜』が元である。もう一つ黒田の名字の地とされるのは播磨国多可郡黒田庄で、こちらは『播磨鑑』に記されている。
黒田城は黒田集会所のあたりに築かれていたという。 このあたりは「構屋敷」と呼ばれ、集会所の改修時に「源宗清」名の刻まれた石塔が見つかり、黒田氏始祖の地と確定したという。
現在集会所の一角に「黒田家始祖御廟所」が設けられている。