天正11年(1583年)賎ヶ岳合戦で羽柴秀吉方の砦として築かれた。 城将は蜂須賀彦右衛門尉家政と木村小隼人重茲であった。
神明山砦は余呉湖の北岸にあり、北東へ伸びた丘陵の頂部、標高294.5mの山頂に築かれている。同じ尾根の北東先端には堂木山砦、南西には茂山砦がある。
主郭Iは土塁囲みの小さな長方形で南東隅が虎口のようである。この主郭Iを囲むように曲輪IIがあり、南辺を除く三方に土塁を設けている。この主郭Iと曲輪IIは比較的丁寧に削平されている。
曲輪IIの虎口は北東の虎口1と南の虎口2がある。虎口1は曲輪IIIと接続しており外側を右折れで入る構造で曲輪IIの北東の土塁は虎口付近で外側にやや湾曲する。虎口2は平入で南の犬走と接続する。この犬走りは南東に伸びる尾根にあるつづら折れの山道と接続する。一方曲輪IIの北側にも犬走がある。
曲輪IIIは西から北にかけて土塁があり東辺にはない。内部は高低差があるため階段状に削平する。虎口は北東隅の土塁か端まで伸び切っていないためやや空いているのだが、南側の虎口3?の部分に東下へ下るようなスロープがあり、その下方に山道が接続しており、この部分とも考えられる。
曲輪IIの南端は高土塁で外側にしっかりとした二重堀切5を設けているが、北側は幅の狭い浅い堀切3で側面に竪堀が伸びていない。
以上の城の中心部からやや離れた北東の尾根に曲輪Vがある。古墳を削平したような形状であるがやや東西に長く切岸がある。北東側は緩斜面のままであるが、南西下には湾曲した横堀1がある。これも古墳の周濠のようでもある。北西の側面に切り込みがある腰曲輪のようになっているが堀切2のようでもある。
反対に南西の尾根背後にはやや離れて堀切6があり、その先のピークに低い切岸を伴う曲輪IVがある。北西側の溝は山道によるもののようである。