築城年代は定かではないが鎌倉時代に畠山重忠によって築かれたと云われる。 畠山氏は秩父重弘の子畠山重能が武蔵国男衾郡畠山郷に住んで畠山氏を称した事に始まり、重能の二男が畠山重忠である。
畠山重綱は源頼朝が挙兵したときは平家方として三浦氏を攻めたが、やがて源頼朝に従い頼朝の鎌倉入りや富士川の戦い、奥州合戦などで先陣を務め重用された。しかし、頼朝没後の元久2年(1205年)「鎌倉に異変あり」との急報でわずかな手勢を率いて菅谷館を出発した重忠は、鎌倉幕府の実権を握った北条氏によって武蔵国二俣川で大軍に囲まれ討死した。
長享2年(1488年)には扇谷上杉氏と山内上杉氏によって、近くの須賀谷原で合戦が行われ、このときには菅谷城が築かれていたと考えられている。
その後の動向は定かではないが、太田氏が岩槻城へ移ったあとに、小泉掃部助が居城したと伝えられるのみである。
菅谷館は都幾川北岸の丘陵に築かれており、現在は比企郡城館跡群菅谷館跡として整備され、その一角に嵐山史跡の博物館が建っている。
菅谷館は高土塁と空堀によって区画された巨大な平城で、東西に長い本郭は北に出桝形と呼ばれる張り出しの土塁を設けて、周囲を巡る堀に横矢を掛けている。本郭の北は二の郭、三郭、南に南郭を配す。二郭と三郭の間には畠山重忠の像があり、三郭に嵐山史跡の博物館が建っている。
国道254号線バイパス沿いに嵐山史跡の博物館があり、ここが城跡。
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