築城年代は定かではないが文安年間(1444年〜1449年)頃に戸田弾正左衛門宗光によって築かれたと云われる。 戸田氏は文明12年(1480年)に田原城を築き、上村城には次男家光を残して宗光は田原城へ移ったが、ほどなくして家光も移ったという。
明応2年(1493年)城主阿部孫次郎は松平親忠と戦って敗れ、松平信定・清定父子が在城した。天文14年(1545年)松平清定は松平広忠と戦って敗れ、酒井将監忠尚が入城した。 永禄6年(1563年)忠尚は三河一向一揆に荷担して徳川家康と対峙し、一揆が鎮圧されると駿河へ逃れた。
上野上村城は現在の上郷護国神社一帯に築かれていた。 神社の境内に土塁の高まりがあり、上に社が祀られている。
この地には徳川四天王の一人「榊原康政誕生之碑」が建っている。 榊原氏は上野上村城主であった酒井将監忠尚に仕えていたが、康政は小姓として徳川家康に見いだされ、江戸時代には上野国館林初代藩主になっている。