築城年代は定かではない。初期には清原右馬允、内藤十郎市が城主であったという。
その後、亀山城主作手奥平貞久の四男主馬允が萩を分与され萩奥平氏の祖となった。萩奥平氏は主馬允の後、伝五郎・周防守勝次と続く。奥平勝次は長篠合戦で宗家の奥平信昌に従って長篠城に籠城している。
萩城は西の山塊から東へ張り出した尾根の先端頂部に築かれている。
主郭は尾根上にあり東西に長く小城の割に大きな曲輪で、西端に土塁を設けている。 南側には虎口があり、そこから続く帯曲輪程度の坂道には段々に削平された遺構が残る。 北下にも帯曲輪のような地形があり、土塁と堀か通路のような地形で複雑になっている。 主郭の西背後は明確な堀切にはなっていない。
城山の南東麓に標柱が建っており、そこから山上に登る道が付いている。
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