詳細不明。城主は禰津氏の一族別府氏という。

永享8年(1436年)に小笠原政康が禰津氏の支城であった芝生田城と別府城を攻略している。

別府城は現在の別府集落の東方に築かれていた。 耕地整理の為に遺構ははっきりとしないが、「屋敷」と呼ばれる所に薮が残されており、この辺りが別府城跡だという。

最寄り駅(直線距離)
1.9km 滋野駅
3.8km 田中駅
5.8km 小諸駅
5.8km 小諸駅
6.8km 大屋駅

付近の城(直線距離)
1.1km 信濃 禰津支城
1.1km 信濃 大石城
1.8km 信濃 芝生田城
2.4km 信濃 古見立禰津氏居館
2.7km 信濃 宮ノ入禰津氏居館
3.0km 信濃 禰津城(下の城)
3.1km 信濃 堀ノ内城
3.1km 信濃 禰津城(上の城)
3.4km 信濃 霧久保城
3.6km 信濃 外山城
3.7km 信濃 楽厳寺城
4.1km 信濃 桝形城
4.1km 信濃 矢立城
4.4km 信濃 富士見城
4.4km 信濃 鷲尾城
4.5km 信濃 鴇久保愛宕山城
4.8km 信濃 手代塚城
4.8km 信濃 政所城
4.9km 信濃 鍋蓋砦(東御市)
5.3km 信濃 芝宮砦
5.4km 信濃 菱形城
5.5km 信濃 鍋蓋城(小諸市)
5.5km 信濃 小諸城
5.6km 信濃 下之城

2013年4月