羽柴秀吉を大将とする織田信長軍が別所長治の籠もる三木城を攻めた三木合戦(天正6年(1578年)3月から天正8年1月)で築かれた織田方の陣城の一つ。
慈眼寺山城は有馬則頼で、第一期に築かれた陣城群の一つと考えられている。
慈眼寺山城は慈眼寺の北西背後に聳える標高148mの山に築かれている。
山頂から南側が高速道路建設によって失われているが山頂は展望台として公園整備されている。主郭の北側は周囲に低い土塁が付いている。ここから北西と北東の峰に平段があったとされるが、削平状態は良くなく切岸も甘い。
高速道路の北側の側道から登る道があり、入口付近に駐車できる。
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