慶長6年(1601年)頃に深尾氏によって築かれた。
深尾氏は関ヶ原合戦後に土佐一国を与えられ高知に入部した山内家の家老で、初代深尾重良は一万石を与えられて佐川城に入った。深川氏の時代に佐川城も改修されたようであるが、元和の一国一城令によって廃城となり、以後深尾氏はこの土居屋敷を中心にこの地を支配し、明治まで続いた。
深尾土居屋敷は佐川城の東麓に築かれていた。現在住宅地となっているものの、石垣が残されている。
国道沿いに案内板や石碑、東の川向こうにも深尾土居の案内板が建っており、住宅地の中に「深尾侯累代土居屋敷跡」の碑などがある。
深尾氏の菩提寺は青源寺で累代の墓地がある(佐川城を参照)。
国道494号線沿いにある深尾神社の東側一帯が土居跡。
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