築城年代は定かではない。永禄年間(1558年〜1570年)頃には牛久城の支城として岡見氏の家臣の近藤治郎が在城していた。
東林寺城は牛久城の北西に位置し、牛久沼に半島状に伸びた台地の南端に築かれている。
曹洞宗東林寺の背後にある台地の上が城跡で、境内の上に主郭付近なあったという五輪塔が二基移され市指定の文化財になっている。
南北に長く舌状に伸びた台地を空堀で区画して南北に曲輪を連ねる構造で、主郭は南端にあったという。この主郭部付近は土取によって消滅しており、近くまで行ってみたものの、宅地や畑となっていてどのような状態になっているのかは確認できなかった。
東林寺から山上に登った所に空堀があり、そこから南に二郭と主郭、北に三郭・四郭が残る。三郭は広大な敷地で畑となっており、四郭との間には土塁と空堀が良好に残っている。