元和2年(1616年)稲垣重綱によって築かれた。
稲垣氏は稲垣長茂が徳川家康に従って戦功を重ね、慶長6年(1601年)上野国伊勢崎一万石で諸侯に列した。
二代重綱は大坂の陣の功によって一万石を加増され、翌元和二年(1616年)に越後国刈羽郡藤井二万石に転封となり築いたのが藤井城である。しかし藤井藩は元和6年(1620年)三千石を加増され三条へ転封となったため廃藩となり、藤井城も築城半ばで廃城となった。
藤井城は妙覚寺の西にある小公園の辺りに築かれていた。現在本丸が公園となっており石碑がある。
遺構は明瞭ではないが、公園部分が一段小高くなって、北から西にかけて一段低く堀跡となっている。
東から公園に入る道があり奥に駐車可能。
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