築城年代は定かではないが高田藩によって築かれた。
延宝9年(1681年)が高田藩主松平光長が改易となると天領となったが、引き続き幕府が利用、貞享2年(1685年)に稲葉正往がが高田藩主となると、またが高田藩の出張陣屋となった。
元禄16年(1703年)には一時的に島町陣屋に機能が移されたが、正徳5年(1715年)には再び扇町陣屋に戻された。寛保2年(1742年)高田藩主松平定賢の白河転封にともなって柏崎陣屋が築かれて機能が移され廃された。
柏崎扇町出張陣屋は現在の喬柏園(旧柏崎公会堂)のあたりに築かれていたというが遺構はない。