築城年代は定かではない。 今川氏の家臣小笠原氏が城主で、今川氏が没落すると小笠原氏は徳川家康の家臣となり、高天神城主も兼ねた。
天正2年(1574年)高天神城が武田勝頼によって攻略されると、家康は高天神城奪還の拠点として馬伏塚城を改修し、大須賀康高を城主に据える。 更に康高に横須賀城を築かせ、康高を横須賀城の城主として、馬伏塚城には高力清長を置いた。
天正9年(1581年)家康は高天神城を攻略して遠江国の支配を確立すると、天正10年(1582年)には役目を終えて廃城となったという。
現在は住宅地となており、わずかに土塁が残る程度である。