慶安3年(1650年)九鬼隆李によって築かれた。
綾部藩祖九鬼隆李は志摩国鳥羽藩主九鬼守隆の三男で、五男久隆との家督相続争いがあり、幕府の裁定に従い遺領を分割して綾部藩二万石を領して大名に列した。
九鬼隆李が最初に陣屋を築いたのは綾部陣屋(前期)であったが、慶安3年(1650年)に火災によって全焼し、翌4年にこの地に陣屋築いて移した。
綾部藩は隆季が入部した直後に弟の隆重に五百石を分知しており、以後一万九千五百石の大名として明治まで続いた。
綾部陣屋は綾部小学校や宗教法人大本教の本部がある辺りに築かれていた。 綾部幼稚園の西側にある道路に大手門跡と案内板がある。 大手門の部材は綾部小学校に保管されているそうだ。
以前はこの辺りに「綾部城略図」があったのだが、今回は見つけられなかった。撤去されてしまったのだろうか。