築城年代は定かではない。 延徳元年(1489年)に小笠原氏一族の島立右近太夫貞永が修築して居城としたという。
島立右近は永正年間(1504年〜1521年)に小笠原氏の命によって深志城を築いて移ったが、大永3年(1523年)に右近の孫の島立貞知のとき再びこの荒井城へ移ったという。 天文19年(1550年)武田氏の侵攻によって攻め落とされた。
荒井城は奈良井川の西岸、信濃荒井駅とその北にある国道158号線との中間付近に築かれていた。
早くより宅地化などによって遺構は失われていたようで、現在は土塁と思われる土盛りの上に社が祀られ、そこに案内板が設置されているだけである。