築城年代は定かではない。城主は梶氏で初代は梶金平信勝。天文5年(1536年)梶信家のときに落城したという。
その後、城主は本多忠知であったが、元亀2年(1571年)に武田氏によって攻められ落城したという。
孫根城は巴川とその支流が大きく蛇行して半島状に伸びた丘陵に築かれている。
南北に伸びた丘陵の最高所に本丸を置き、そこから南へ伸びた尾根に段曲輪と堀切を配している。北は尾根が続いているものの、切岸下を横堀状に削っているのみである。
県道沿いに道標があり、途中から林道に入って進んで行くと神社があり、そこに駐車できる。