小笠原清長は加賀美館主加賀美遠光の次男で小笠原氏を称した。清長は兄秋山光朝とともに京都で平知盛に仕えていたが、源頼朝が挙兵すると甲斐へ戻って甲斐源氏と合流し平家追討に功を挙げた。その後、父加賀美遠光が信濃守護職となり、小笠原長清は信濃国伴野荘の地頭となった。長清の子孫は武田氏に滅ぼされながら江戸時代に大名に復帰した小笠原氏、阿波で細川氏に仕えた三好氏などがいる。
小笠原長清館は現在の小笠原小学校の辺りだと考えられているが、はっきりとしたことはわからない。小笠原小学校の校庭西側に「小笠原長清公館跡」の石碑があるのみである。