藤原秀郷流那珂氏の居城と考えられていたが、現在では大中臣姓(おおなかとみせい)那珂氏の居城とする説が有力となっている。
大中臣姓那珂氏の祖は継の子宗経で、実経、実久と続く。実久は御家人として常陸国那珂東郡・那珂西郡などの地頭職を得て那珂中左衛門尉を称し、その子時久は那珂三郎左衛門を称している。
那珂氏はその後、丹波国天田郡金山郷へと移って行くがその時期は明確ではない。那珂宗泰が足利尊氏に従って丹波へ移った説が有力ではあるが、その祖父経久の時代とも云われる。いずれにしても那珂氏は古くより丹波の地に所領を得ていたようである。
那珂西城は那珂川に面した台地の東端に築かれている。 現在の宝憧院の境内が主郭で、南に中城、その西に兵庫坪と呼ばれる三つの曲輪で成っていたようである。
宝憧院境内を取り囲むように土塁と空堀で残り、兵庫坪は北西端の土塁が残り、北側には堀跡らしき窪地が畑として残る。