文明3年(1471年)本願寺蓮如によって開かれた。 比叡山延暦寺など迫害から逃れた蓮如が北陸の布教の拠点として開山したのが吉崎御坊である。

開山以後、各地から信者が集まり急速に寺町が形成されたが、加賀国守護冨樫政親と一向門徒が対立することとなって、文明7年(1476年)蓮如は吉崎御坊をあとにした。永正3年(1506年)越前国の一向一揆は越前国守護朝倉氏によって加賀国へ追われ、吉崎御坊は廃寺となった。

吉崎御坊は越前と加賀との国境に位置する。吉崎御坊は丘陵の上にあったが、現在は公園となって蓮如上人の像が建っている。

最寄り駅(直線距離)
4.0km 牛ノ谷駅
5.1km 細呂木駅
5.8km 大聖寺駅
8.2km 芦原温泉駅
8.8km あわら湯のまち駅

付近の城(直線距離)
1.4km 加賀 小森堡
2.0km 加賀 橘氏館
2.8km 越前 細呂木館
4.2km 越前 神宮寺城
4.2km 加賀 熊坂口之砦
4.4km 加賀 熊坂菅谷砦
4.5km 加賀 熊坂黒谷城
4.8km 越前 川口城
4.8km 加賀 熊坂花房砦
4.9km 加賀 津葉城
5.1km 加賀 大聖寺城
5.5km 加賀 山岸氏館
6.6km 加賀 南郷城
7.0km 加賀 金吾ヶ城
7.5km 加賀 日谷城
8.2km 越前 金津奉行所
8.5km 越前 溝江館
8.9km 加賀 山田光教寺
9.4km 越前 番田堀江館
9.4km 加賀 東山田玄蕃屋敷
9.6km 越前 梶台場

2009年8月