築城年代は定かではない。
天正年間(1573年～1592年)に丹羽長秀の家臣太田一吉の居城であった。 天正13年(1585年)丹羽長秀が没して長重が家督を継いだが、同年秀吉によって越前や加賀などの所領を没収され若狭一国を安堵されると、太田一吉は秀吉の家臣となった。
一吉はその後、美濃国で一万石、慶長文禄の役では軍目付として渡海し、除封された大友氏に替わって豊後臼杵城主となるなど豊臣大名となったが、関ヶ原合戦で西軍に属して改易となっている。
清水山館は現在毘沙門天が祀られているあたりとされる。埋蔵文化財地図によれば、近くの専伝寺のあたりを清水山城とするが未訪問である。
現在この毘沙門天の境内に清水山城の石碑がたっている。周囲よりやや高いが、境内の周辺は宅地になっており遺構は不明。