詳細不明。
水上城は標高420mほどの水上山に築かれている。
主郭は山頂にあり北東から南西に伸びる尾根上を削平しているが、削平は甘い。北のIと南のIIがやや高くなっている。Iの南側はやや湾曲した浅い溝があり、外側には土塁状の高まりが残るが古墳の周濠だろうか。
南へ続く幅広の堀切で遮断しているが、勾配はやや緩い。北へ続く尾根には遮断遺構はなく、尾根の先端部に明治年号のある石祠が祀られている。
山本城から水上城へ登ってくる途中、標高250m付近に堀切地形が確認できる。南側は山道が接続しているが、その下方に竪堀地形、北側は山道は接続せず急坂となっており、切通ではなく堀切のようである。位置や形状からして、東の尾根先側が曲輪面と推測できるが、こちらは全くの自然地形で、尾根先側も山道以外人工地形は確認できず、謎の遺構である。