築城年代は定かではないが寛喜年間(1229年〜1232年)に小山朝村によって築かれたと云われる。 小山朝村は小山朝政の孫、小山長村の子で、薬師寺城を築いて薬師寺氏の祖となった。
薬師寺氏は南北朝時代の薬師寺公義のとき、足利尊氏の執事高師直の近臣となって転戦した。その後、薬師寺氏は宇都宮氏に属している。
薬師寺城は下野薬師寺跡の南西に築かれていた。 平城で殆ど遺構は残っておらず、わずかに道路に面して堀が東西に残り、一部土塁が残っている程度という。
城の北東付近に建っている鉄塔の近くに案内板が設置されており、この北側の道路に面して堀が確認できる。鉄塔のある薮の中にも遺構がありそうだが、まったく踏み入れる状況ではない。