築城年代は定かではない。 平安時代末期に山下兵衛尉義経が籠った山下城がこの城であったとも云われるが、現在の遺構は戦国時代のものである。
その後京極氏の被官阿閉氏の居城となったが、永正年間(1504年〜1521年)頃には浅見氏の居城となっていた。 浅見氏は一時期浅井亮政と対立したが後にその傘下に組み込まれ、山本山城は小谷城の支城の一つとして再び阿閉氏が城主となった。
元亀年間には織田信長と浅井長政が対立し、信長は浅井氏の居城<小谷城を攻囲し周辺の城を攻略していた。元亀3年7月には羽柴秀吉が山本山城に攻め寄せ麓に放火し、繰り出した足軽衆と戦闘となった。天正元年(1573年)8月阿閉貞征には織田信長に降伏開城する。これによって孤立した小谷城も翌月には落城した。
天正10年(1582年)本能寺の変で明智光秀が織田信長を倒すと、阿閉貞征は明智光秀に与して秀吉の城であった長浜城を占拠しする。しかし山崎合戦で明智光秀が敗れると、阿閉貞征もまた羽柴秀吉によって討たれ、阿閉氏は滅亡した。
山本山城は標高324.2mの山本山に築かれており、現在はハイキングコースが整備されている。
琵琶湖に沿って南北に長く伸びた山塊の南端に位置しており、北の尾根をたどれば賤ヶ岳に達する。
主郭Iは山頂にあり分厚い土塁が巡る。北辺が南辺よりやや短い台形で北東隅が櫓台状に分厚くなる。虎口は南と東にそれぞれ開口し平入になる。主郭の南側には広い曲輪I2が拡がり、東に腰曲輪I3、西に帯曲輪I4がある。
主郭から東へ伸びた尾根には堀切2、3を経て土塁のある曲輪IIがある。現在は登山道が貫通しているが、旧道と思われる踏み跡が堀切3を経由して虎口3のところに通じている。
主郭から北へ続く尾根には堀切で区画された曲輪群が続く。主郭直下の堀切5は東側の帯曲輪から木橋で接続されていたと推測され、主郭の櫓台はこの直上に位置する。曲輪IIIの北端は高低差の大きい堀切7があり、西側面には三条の畝状竪堀群6がある。
曲輪群Vは堀切の間にある小さな曲輪群であるが、西側に段々を造成している。
北端の曲輪群IVは南北二段で、北下の曲輪IV2は土塁囲みで東辺に虎口5を開く。外側は竪堀群12に囲まれた支尾根に出るがその先の導線はわからない。一方上段のIV1の南西隅にも虎口4があり、外側にある小郭と南下のIV3が木橋で接続されていたと思われ、IV3は馬出のような構造になっている。
城の北端は曲輪IV2の下に二重堀切13があるが、その先にも堀切14～16が確認できる。
南東麓にある朝日神社に登山道入口があり、広い駐車場もある。
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