明暦2年(1656年)津軽信英によって築かれた。 弘前藩二代津軽信牧の二男信英が五千石を分与され旗本となり黒石に陣屋を築いたのが始まりである。
黒崎津軽氏は信英を初代として八代目にあたる親足が、文化6年(1809年)に六千石の加増をうけて一万石となり、諸侯に列して明治まで続いた。
黒石陣屋は浅瀬石川北岸の河岸段丘に築かれていた。
馬場跡が現在の御幸公園で、ここに石碑や陣屋絵図の案内板が設置されている。 陣屋はこの馬場の東側、黒石神社との間の区画にあった。大半の遺構は消滅しているが、空堀跡がわずかに残っている。