慶長12年(1607年)越前福井藩主結城秀康の次男忠昌が一万石を与えられたことに始まる。 忠昌は元和元年(1615年)大坂の役の功によって常陸国下妻三万石で転封、後に宗家の福井藩を継いでいる。
元和5年(1619年)松平直政が越前から姉崎二万石に移され大名に列した。 直政は忠昌の弟で大坂の役の後に兄忠昌の所領のうち越前大野に一万石を与えられていたが、幕府より姉崎一万石の加増を受けて姉崎藩となった。寛永元年(1624年)には越前国大野五万石に転封となり姉崎藩は消滅したが、この直政の家系が後に出雲国松江藩主となっている。
姉崎陣屋の場所ははっきりしていない。『房総における近世陣屋』では姉ヶ崎駅の南側、稲荷神社のあたりを候補地としている。