築城年代は定かではない。神代氏代々の居城であったと考えられるが、神代氏の出自は詳らかではない。筑後や肥前にも神代(くましろ)氏がおり、龍造寺隆信と争った神代勝利などが著名であるが、この神代(こうじろ)氏は別系統である。
南北朝時代の神代式部貴益と戦国時代の神代兵部大輔貴茂が知られる。貴茂ははじめ日野江の有馬氏に属していたが、龍造寺隆信の勢力が及ぶとそれに従い、天正5年(1577年)には龍造寺軍が神代に着船すると神代貴茂は龍造寺隆信を饗応した。
天正12年(1584年)龍造寺隆信が有馬・島津連合軍と沖田畷で戦い討死すると、龍造寺方となっていた島原の豪族は有馬方へと寝返る中、神代貴茂は龍造寺方として踏みとどまり、有馬氏によって攻められた。しかし神代城は難攻不落であったため攻め落とされることはなかった。貴茂は有馬氏と和議を結ぶべく多比良城に招かれたが、その帰路謀殺されてしまった。当主を失った神代城も落城し神代氏は滅亡した。
神代城は鶴亀城とも呼ばれ、有明海に面した比高15m程の高台に築かれている。
本丸は神代神社が鎮座している所で周囲を高土塁が巡らされている。 北側の道路が本丸と二の丸を区画する空堀で、北側の高台が広大な二の丸である。 二の丸は殆ど開墾されており地形も大きく変わっている所が多いが、北側には横堀なども残っている。
近くの鍋島邸にある駐車場も利用出来るが、参道入口に一台分の駐車スペースがある。
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