築城年代は定かではないが永正11年(1514年)以前に築かれていたとされる。 永正11年(1514年)伊達稙宗が山形へ侵攻し長谷堂で最上軍と対し、これを敗って家臣小梁川親朝に守備させたという。
文禄3年(1594年)には最上四天王の一人志村光安が城主となる。 慶長5年(1600年)関ヶ原合戦で上杉景勝は東軍に属した最上義光を攻める為に、直江兼続を主将とした大軍を米沢から発した。対して最上軍は各出城を破棄して兵力を集中させることを目指す。しかし中には畑谷城主江口光清のように敵を目前に城を明け渡して退く事を良とせず、討死することもあった。畑谷城を落とした直江兼続は長谷堂城の北にある菅沢山に本陣を置き対峙する。緒戦において上杉軍は最上軍を蹴散らし戦果をあげたが、その後は最上軍の夜襲やゲリラ戦に悩まされ持久戦となった。そうこうしているうちに中央では徳川家康の東軍が勝利し、その知らせは最上・上杉両軍に知らされ、兼継は退却する。その後最上義光は庄内にも出陣して尾浦城・酒田東禅寺城などの上杉氏の諸城を攻略、関ヶ原合戦後には五十七万石の大名となった。
この戦いの後、志村光安は酒田亀ヶ崎城で三万石の城主となり、かわって成沢城主坂紀伊守光秀が一万三千石で城主となったが、元和8年(1622年)最上氏が改易となると廃城となった。
長谷堂城は標高230mの城山に築かれており、現在は公園として整備されている。
麓に水堀を巡らせ山全体を城として加工していたようで、山頂を中心に高い切岸を備えた広い曲輪群が山腹まで拡がっている。山の中にある堀は南端にある長谷観音堂の西側面に二重の横堀があるくらいで、尾根を遮断するような堀切はない。
上杉の大軍でも攻め落とせられなかった山城として著名であるが、縄張構造は比較的シンプルである。籠城側の兵力、士気ともに十分であれば構造がシンプルでも容易には落ちないのだろう。
登口は各方面からあるが、北麓の八幡崎口近くに駐車場やトイレがあり、水堀の復元もある。
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