築城年代は定かではない。城主は江見氏で浦野氏の家臣として岩櫃城の斎藤氏と争ったが、斎藤氏に敗れて城を奪われ信濃国小県へ落ちていったという。
三島根小屋城は吾妻川の南岸にあり根小屋集落の西背後に聳える標高675mの山に築かれている。
三島根小屋城は麓近く、諏訪神社の背後から続く低い丘陵部と山上の曲輪群と大別できる。麓に近い標高480m付近は広く大きい曲輪が二、三あり、方形の土壇なども確認できる。そこから一気に山上へと登っていくが、途中に小さな帯曲輪と堀切などが続いている。山頂部の曲輪も狭く、背後の尾根には連続堀切がある。
南の谷筋に道があり、途中から山上に登っている。行きは諏訪神社の背後からそのままよじ登った。
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