康正2年(1456年)武田信長によって築かれたと云われる。 上総国武田氏の武田信長は康正2年(1456年)下総国市河合戦のときに庁南城と真里谷城を築き、庁南城には信長の嫡子武田信高が入り、その子武田道信が庁南武田氏の祖となった。
庁南武田氏はその後代々続き、真里谷武田氏が衰退した後は池和田城や勝見城を支城として、上総国を代表する勢力となったが、天正18年(1590年)豊臣秀吉の小田原征伐で北条氏とともに滅亡した。最後の当主武田豊信は甲斐の武田信玄の三男ともいわれるが不明である。
長南城は長南町にある長久寺の東側一帯の丘陵に築かれている。 長久寺の東側の丘陵に鎮座する妙見宮の辺りが「庁南城跡太鼓森」と呼ばれ、当時は物見の櫓があって出陣などの合図として太鼓を打ち鳴らしていたと伝えられている。 「千葉県所在中近世城館跡詳細分布調査報告書」に掲載されている縄張図では、東西1.2km、南北0.8kmの範囲で遺構が認められるとしているが、基本的に細尾根の丘陵で削平地の規模も小さく中心となる部分を見いだすのは難しい。