築城年代は定かではないが河野氏によって築かれたと考えられている。
文明11年(1479年)細川義春が讃岐・阿波の軍勢を率いて伊予に侵攻した時、河野通生は三十三台城に籠り高穴城は弟勝生に守らせた。
天正13年(1585年)豊臣秀吉の四国征伐では小早川隆景が伊予に侵攻し、高穴城は二神一族等が籠ってこれに対抗したが敗れた。
城は標高292.1mの高穴山の山頂に築かれており、河野氏発祥の善応寺、雄甲城とは河野川を挟んで北東に位置する。
城は山頂に主郭があって祠が奉られ、中央南側に枯れない井戸(池か)があって現在も水が残っている。
主郭の西下に東西に長い曲輪があり、北側面に石積が残る。
北西の尾根は堀切を隔てて曲輪があり、その先も明瞭ではないが堀切があるように見える。
南西の尾根にも小さな岩を断ち切った小さな堀切があり、その先には西側面に土塁状の岩を残した小郭がある。
道はなさそう。県道178号線が城山の南側で河野川を跨ぐがこの辺りから山へ入ることができる。
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