築城年代は定かではないが元和8年(1622年)以降に峰山藩一万三千石の大名となった京極高通によって築かれた。 京極高通は朽木宣綱と京極高吉の娘との間に生まれ、京極高知の娘を正室に迎えて高知の養子となった人物で、元和8年(1622年)京極高知の遺命により一万石を分知され、将軍徳川秀忠より拝領していた下総と近江の三千石の所領を合わせ一万三千石の大名となった。
宮津藩京極家は改易、田辺藩京極家は但馬国豊岡に転封となるなか、峰山藩京極家は高通が吉原山城の麓に陣屋を構えて以降、十二代続いて明治に至る。
峰山陣屋は中世吉原山城の東麓に築かれていた。現在は畑などになっているが麓より一段高い高台にあり、北の小高い段に峰山城趾の石碑が建っている。
峰山藩京極家の菩提寺は陣屋の南方にある常立寺で、歴代藩主の肖像画や墓碑が残っている。