築城年代は定かではないが平安時代に別府行隆によって築かれたと云われる。
別府氏は成田助隆の次男行隆が別府に住んで別府氏を称した事に始まり、行隆の長男太郎能行と二郎行助が相続で争い別府郷を二分して相続したため、行助は西別府館を築いたという。
別府氏は太郎能行から戦国時代の別府清長まで代々続いたが、天正18年(1590年)豊臣秀吉による小田原征伐で北条方であったため没落した。
別府城は東別府神社の境内となっている。境内を取り巻くように方形に土塁と水堀が巡っており、住宅地の中にあって今なお比較的良好に残る城跡である。