築城年代は定かではないが寛永年間(1624年〜1644年)頃に松浦隆信によって築かれたと云われる。
松浦氏は当初日之嶽城(現在の平戸城)を築いていたが、慶長12年(1607年)(一説に慶長18年(1613年))に自ら火を放ち焼失、松浦氏は中之館を本拠とした。その後、さらに御館を築いて居城とし、宝永元年(1704年)四代藩主松浦鎮信によって平戸城が築城されるまでの居城であったという。
明治26年最後の藩主松浦詮の私邸として現在の建物が建てられ、その後松浦史料博物館として現在に至る。
御館は平戸港を見下ろす山腹に築かれている。現在の建物は明治時代のものであるが、石垣や石段は御館当時のものと云われ、現在の石段は鈎状に屈折して登るようになっている。土塀は明治のものか、狭間はついていないが、門前は両側から横矢が掛かる構造になっている。
御館の東側には「御部屋の坂」と呼ばれ、御部屋様(側室)の屋敷があった所である。
松浦史料博物館に専用の駐車場がある。
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