築城年代は定かではない。史料に初めて登場するのは天正6年(1578年)上杉謙信の跡目を巡って上杉景勝と上杉三郎景虎が争った御館の乱のときである。天正7年(1579年)上杉景勝方の佐野清左衛門尉が旗持城に居て、景虎方の軍勢が海路兵糧を御館へ搬入しようとした船団を襲撃してこれを阻止している。
旗持城は標高365.9mの城山に築かれており、現在は登山道が整備されている。
旗持城は城山山頂に主郭を置き、そこから北、東、南東の三方に曲輪を配している。 主郭は木が伐採されて展望が開けており、天気が良ければ春日山城も見えるようである。
主郭の北は三段程の腰曲輪、東は一段の腰曲輪があり、その下方に堀切、そこから東尾根に段曲輪を付けているようだ。主郭から南東へ降りると堀切があり、その先の尾根に南北に長い曲輪がある。南東尾根の先端に堀切があり、そこから下へ段曲輪が続き途中一ヶ所堀切がある。
国道8号線沿いに登山道がある。妙興寺の南側で、登山道入口の辺りは路側帯があり駐車可能。
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