築城年代は定かではないが文明年間(1469年〜1487年)頃に大岐氏によって築かれたと云われる。
一条氏の家臣大岐氏の居城で、大岐丹波守家政、大岐能登守政直、大岐左京進正行と続いたという。
天正2年(1574年)左京進正行は、一条兼定が三家老によって豊後へ追われたとき、加久見城主加久見左衛門宗清に荷担して兵を挙げ一条氏の老臣を討伐した。 左京進正行はその後、朝鮮の役に出陣して戦死した。
大岐城は大岐川北岸の東西に連なる山の中間にある、標高120m程の山の頂上に築かれている。
大岐城は東西二郭で西側が高く主郭になっている。 主郭は東西に長く、南を除く三方に土塁を巡らせている。土塁は西側が高くなっており内側の高さは2m程になっている。東の曲輪はやや小さく、主郭と同じく北から東側に土塁を設けているが、こちらの土塁は1mに満たない低いものである。この東郭の南下に一段腰曲輪が 付いている。
主郭の西には二条の堀切を設け、いずれも竪堀となって南面に落ちる、堀切から落ちる竪堀の東側にも独立した竪堀が二条確認できる。東郭から東へ続く尾根にも二条の堀切が設けられているが、こちらの堀切は浅い。
大岐を渡る橋の所に墓地がある。この墓地を登るとすぐに行き止まりとなるが、そこから少し薮をかき分けて入ると尾根伝いに道が付いている。この道はやや密集した竹の群生付近で消えるが、その先へ進めば人工林となって登りやすくなっている。