詳細不明。城主は谷垣兵部が伝えられる。谷垣氏は坂井城主でもあった。
井尻城は井尻川の西岸にある山塊から東へ伸びた尾根に築かれており、谷を挟んで南北三つの城館が並んでいる。便宜上、北城、中城、南城として紹介している。『日本城郭大系』に掲載されている縄張図は北城のものである。
井尻城(北城)の主郭は南西側に伸びた最高所にあり、背後を土橋の架かる堀切で遮断する。主郭の内部には小さな土塁が二つ残り、区画していたようである。北西側に伸びた尾根は弓形状の堀切で大きく遮断している。
東へ伸びる尾根は大堀切で遮断し、東側に土塁の付いた曲輪が残る。この土塁は中央部が窪んでおり、主郭側とは木橋が架かっていたのかもしれない。この曲輪からつづら折れの道が麓まで伸びており、降りた先の一段高くなった水田辺りが居館跡とされ、かつては堀が残っていたようである。