築城年代は定かではない。天正9年(1581年)前田利家が能登に入部したとき、家臣の高畠茂助と宇野十兵衛を二穴城に配したという。
二穴城は能登島の南東にあり、富山湾から七尾湾に入る小口瀬戸を監視する位置に築かれている。
多賀神社の裏山が城跡で、二股に別れた尾根全体を二穴城とする説もあるが、後世の開墾などもあって城域は判然としない。
本丸は南東の尾根先部分と伝えられ、一段高く一部に土塁を伴う曲輪となっている。その北下の曲輪も北端部に土塁があり、その下方には堀切があったような地形も断片的に残っているので、この辺りまでは城域であった。
登り口は多賀神社で社殿脇から登る小路が付いている。案内板は東の港の北側の道路沿いに設置されている。
港の辺りに駐車可能。
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