築城年代は定かではない。南部館の南部光行の三男実長が波木井郷の地頭としてこの地へ屋敷を構えたのが始まりとされる。
文治5年(1189年)南部光行は奥州藤原氏討伐に随行して功を挙げ、陸奥国糠部五郡を与えられた。これにより南部一族のほとんどは陸奥へ下向したが、実長はこの地へ残った。
実長の子で八戸南部に繋がる実継の家系がこの波木井氏館に居たが、政光の代に甲斐の所領を失ったため、再び八戸へ移っていった。しかし、波木井城を居城とした一族がこの後も甲斐に残っている。
波木井氏館は見延山鏡圓坊の南西の山腹に築かれていた。見延山鏡圓坊の境内地は波木井南部氏が後に居館を移した地ともされ、ここに南部氏館の案内板などもある。
波木井氏館は登り口に南部実長の墓があり、そこから通じる山道を登ると平坦面が出てくる。広い平坦面が館跡とされ社が祀られている。一部発掘調査が行われ、溝や掘立柱建物跡が検出されたようである。
鏡圓坊から200m程西へ歩いて行くと南側に水道施設や墓があり階段がある。ここから登っていけば良い。
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