寛永3年(1626年)延岡藩有馬直純によって設けられた高千穂荘を統括する代官所である。初代代官は津隈太郎左衛門直次である。
寛政9年(1797年)代官所は焼失し、寛政11年(1799年)宮水代官所が設けられ移転した。
舟の尾代官所は舟の尾の集落の西の山裾に設けられている。 山の谷の奥まった地にあり、石垣と柱穴が残っている。
国道218号線沿いにある舟の尾集落の入口に地図がある。そこから奥へ進んで行くと代官所入口の案内板がある。ここから民家の脇を抜けて奥へ進んで行くと鳥居があり、その脇に「この奥50m」の標柱がある。その脇を谷を右手に見ながらひたすら山の奥へ進んで行くと代官所跡がある。