築城年代は定かではないが、一説に元亀・天正年間(15701573年〜1592年)頃に染川城主安東鹿季が築城したと伝えられる。属にいう安東三城(檜山城・脇本城・湊城)の一つ。
元亀・天正年間初期の城主は安東修季で湊城主安東友季の後見人であった。
天正5年(1577年)檜山城主安東愛季は湊安東氏を併合し、檜山城を長男業季に譲り脇本城を居城とした。安東氏は愛季の時に安東から秋田と改名している。愛季は天正15年(1587年)小野寺氏・戸沢氏と唐松山合戦の後、淀川の陣中で病没すると家督は嫡子実季が継ぐ。しかし、この時12歳と幼少であったためか、脇本城主修季は湊城主安東高季を扇動して謀反を起こした。この湊合戦と呼ばれる戦いで実季は脇本城を棄てて檜山城へ逃れて籠城する苦戦を強いられたが、由利十二頭などが檜山安東氏方となったことで形成は逆転し、湊城を落として終結した。
城は男鹿半島の付け根にある生鼻崎の山に築かれている。承応2年(1653年)と文化7年(1810年)の地震によって数百m程が海中に没したとされ、現在残る遺構は残された一部と見られる。
城内を天下道と呼ぶ街道がが、この道は脇本城を越えて茶臼館に至ると云う。
脇本城は詰城と居館を兼ねた山城で、天下道の通る谷筋を挟むように二つの尾根に曲輪群がある。谷の北にあるのが内館と呼ばれ、背後は空堀、大土塁を設けて複数の段に分かれる。南に伸びた尾根は西側に土塁が伸び、東に向かって段々の曲輪を配している。
県道59号線生鼻崎第二トンネルの東側に入口があり、普通車であれば山の中腹の駐車場まで車で登ることができる。中腹の駐車場の所に簡単な資料館がある。
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