但馬国分尼寺は豊岡市日高町水上にあり、日高東中学校の東側一帯に築かれていた。 中学校の東側の道路沿いに国分尼寺の礎石が現存しており、この辺りに国分尼寺があったと推定されているが、未だ伽藍の配置や寺の範囲も確認されていない。

文化11年(1814年)伊能忠敬が但馬国分寺跡を訪ねた日記に、国分尼寺の礎石が七つあったと記されている。