築城年代は定かではないが永禄年間(1558年〜1570年)頃に竹中重利によって築かれたと云われる。
大御堂城主竹中重元が岩手城へ移った頃に重利に三千石が与えられ、長松城を築いたという。その後、竹中半兵衛重治が羽柴秀吉に従って各地を転戦するも、三木城攻めの陣で病没、その後は秀吉の直臣となった。
文禄2年(1593年)豊臣秀吉は大友義統を改易すると、竹中重利(重隆)に豊後高田一万三千石を与え転封となり、後に豊後府内三万五千石(二万石とも)の大名となる。
文禄3年(1594年)竹中重利に替わって秀吉の家臣武光式部忠棟が五千石で長松城に入城する。慶長5年(1600年)関ヶ原合戦では西軍に属して福束城の丸毛兼利を救援するも落城、やがて東軍が集結したため、城を棄てて伊勢国桑名の氏家行広の元に行って籠城した。
長松城は荒崎小学校の辺りに築かれていたという。南の校門脇に石碑があるが遺構はないようである。