築城年代は定かではない。鮎崎新兵衛尉が城主と伝えられている。
天正13年(1585年)羽柴秀吉の命によって、越前国大野城主の金森長近は飛騨へ侵攻する。長近は広瀬城を攻め三木自綱を降伏させた後、三木氏最後の砦となった自綱の次男秀綱の籠る松倉城を攻める際に、ここに本陣を構えたという。
現在北山公園となっている所が鮎崎城跡で、公園に案内板が建てられている。 「定本・飛騨の城」によれば、本丸西方に土留め程度の石垣があり、今も南端に一部確認できるとあり、「日本城郭全集」によれば土塁が残っているとされるが、確認できなかった。