築城年代は定かではない。

城主は因島村上氏の家老末永矢治馬介景光(案内板には末永馬介景光)と伝えられる。 「村上三家由来記」の「竹原表を漕ぎ出す面々」(村上武吉・元吉が関ヶ原合戦時に伊予松前城の加藤嘉明を攻めた時)に御中老の中に末長矢治介景光の名がある。

馬神城は青木城の西にある標高95.9mの馬神山山頂に築かれている。 この馬神山は江戸時代の干拓によって陸続きとなったもので、もともとは独立した島だったようである。

馬神城は山頂と南西の尾根の二段の曲輪となっている。因島にある城跡の大半は不明瞭な削平状態であるが、この城は非常に明瞭に削平されている。

馬神山の南側の山腹を走る車道脇に案内板があり、そこに登山口がある。