永禄12年(1569年)アルメイダ神父が崎津教会を建立したことに始まる。 江戸時代にはキリスト教は禁止され踏み絵など厳しい取り締まりが行われたが、隠れキリシタンとして続いた。

明治に入ってからキリスト教禁止令が廃止となると明治18年(1885年)に教会が創建、以降教会は三度立ち替わっており、現在の教会は昭和9年(1934年)に建築されたものでゴシック風である。内部は撮影禁止であるが、珍しい畳敷になっている。