築城年代は定かではないが仲氏によって築かれたと云われる。
天正10年(1582年)新宮を本拠とする堀内氏善は紀伊北部に侵攻し、最後に残った尾鷲に迫った。尾鷲を守っていたのは仲新八郎(新之丞)を中心とした世古氏・北村氏・荘司氏ら六人衆で、中村山城・山の神砦・関山砦に陣を敷いて対峙した。激戦が繰り広げられたが中村山城に籠っていた将兵の多くが討死にし堀内氏と和を講じた。
中村山城は尾鷲市街中心部にある小高い丘陵に築かれていた。 現在は中村山公園となっているが、城山は体育館や図書館の建設によって削られてしまい遺構らしいものは残っていない。