壱岐国分寺は芦辺町国分にあった。壱岐の国分寺は新しく建立された物ではなく、壱岐直の氏寺がそのまま国分寺として利用され、島分寺と呼ばれた。

壱岐国分寺の遺構、遺物としては礎石や瓦片などがある。