肥後国分寺は現在曹洞宗の寺院である国分寺一帯にあった。 周辺は住宅地であり、一部発掘調査がなされているものの伽藍の配置など詳しくはわかっていない。近くの熊野神社に国分寺七重塔の心礎が残っているが、これは本来の市から動いているらしい。