飛騨国分寺は現在の真言宗国分寺の境内一帯にあった。 天平13年に建立された塔婆は弘仁10年(819年)火災より焼失、斉衡年間(854年〜857年)頃に再建された。応永年間(1394年〜1428年)にも兵火にかかり、戦国時代には金森長近が松倉城を攻めの兵火で五重塔が焼失した。江戸時代になると金森氏が再興を助けて本堂を修築し、元和元年(1615年)には三重塔を建立した。この三重塔は寛政3年(1791年)に大風によって倒壊し、現在残る三重塔は文政4年(1821年)に再建されたものである。

境内に残る七重塔跡が国指定史跡、本堂は室町時代の建築で国指定重要文化財、薬師如来、聖観世音などが国指定重要文化財となり数多くの文化財が残る。